宁波站的总体布局采用“一心、两轴、四区”的格局，纵向主轴线穿越主站房，联结南北广场并延伸至月湖公园和南郊公园；横向辅轴线沿铁路东西延伸，构成防护绿带，这种十字形交叉的空间格局将站区空间和城市紧密联接为有机的整体。功能空间分五层，地下二层和三层引入两条地铁线，宁波站的外部交通组织采用南北高架进站的方式，其出入口和尹江岸路、三支街南延以及南站西路有机衔接，形成明确的交通疏解导向；内部交通组织充分尊重“以人文本”、“以流为本”的原则，采用“上进下出”的交通组织模式，其功能空间共计由五层平面组成：高架候车层由候车大厅和进站广厅构成。进站旅客可以通过南北高架平台直接达到并进入南北两个进站广厅。在站台层的线侧部分设置有换乘厅、售票处、贵宾候车室、办公管理用房等。从广场进站的旅客可通过进站扶梯方便到达上层的高架候车层，贵宾车道可通过专用通道直接驶上基本站台。